基本运费
集装箱基本运费计收，采用班轮公司的运价本或船公司的运价本。目前，中国远洋运输（集团）总公司按航线、货种和箱型，定有集装箱货物运价本。对整箱货采用包箱费率的形式，即对具体航线实行分货种和箱型的包箱费率或不分货种只按箱型的包箱费率。而对拼箱货，则按货物品种及不同的计费标准计算运费。
附加费
除基本运费外，集装箱货物也要加收附加费。附加费的标准根据航线、货种不同而有所不同的规定。中国远洋运输（集团）总公司包箱费率表中，目前列有下列几种附加费目：①超重、超长、超大件附加费；②半危、全危、冷藏货附加费；③选择或变更目的港附加费；④转船附加费；⑤港口附加费和拥挤附加费；⑥其他附加费。
包干运费
在出口中，集装箱需要中转后再运往目的港的情况下，一般定有不同中转港至目的港的包干运价。而由装货港运往中转港的一程运费，仍按具体航线和货物的等级费率计算。全程运费由一程运费、中转包干费与中转港到目的港的包干运费（即二程运费）相加即得。
中转包干费由中转港的各项有关费用和中转港代理的手续费确定。中转包干费与二程运费均由货运公司向货主代收后付中转港代理，由中转港代理结算。
堆场服务费
堆场服务费也叫码头服务费，包括在装船港堆场接收出口的整箱货，以及堆存和搬运至装卸桥下的费用。同样，在卸船港包括从装卸桥接收进口箱，以及将箱子搬运至堆场和堆存的费用，也一并包括在装卸港的有关单证费用。堆场服务费一般分别向发货人、收货人收取。
拼箱服务费
包括为完成下列服务项目而收取的费用：①将空箱从堆场运至货运站；②将装好货的实箱从货运站运至堆场（装船港）；③将实箱从堆场运至货运站（卸船港）；④理货；⑤签发场站收据、装箱单；⑥在货运站货运地正常搬运；⑦装箱、拆箱、封箱、做标记；⑧一定期限内的堆存；⑨必要的分票与积载；⑩提供箱子内部货物的积载图。
集散运输费
集散运输又叫支线运输；是由内河、沿海的集散港至集装箱出口港之间的集装箱运输。一般情况下，集装箱在集散港装船后，即可签发集装箱联运提单，承运人为这一集散而收取的费用称集散运输费。
内陆运输费
内陆运输费有两种情况，一种由承运人负责运输，另一种由货主自己负责运输。如由承运人负责内陆运输，其费用则根据承运人的运价本和有关提单条款的规定来确定，主要包括：①区域运费--承运人按货主的要求在所指定的地点间，进行实箱或空箱运输所收取的费用；②无效拖运费--承运人将集装箱按货主要求运至指定地点，而货主却没有发货，且要求将箱子运回。一旦发生这种情况，承运人将收取全部区域费用， 以及货主宣布运输无效后可能产生的任何延迟费用；③变更装箱地点--如承运人应货主要求同意改变原集装箱交付地点，货主要对承运人由此而引起的全部费用给予补偿；④装箱时间与延迟费；⑤清扫费--使用箱子结束后，货主有责任清扫箱子，将清洁无味的箱子归还给承运人。如此项工作由承运人负责，货主仍应负责其费用。
如果内陆运输由货主自己负责时，承运人则可根据自己的选择和事先商定的协议，在他所指定的场所将箱子或有关机械设备出借给货主，并按有关规定计收费用。在由货主自己负责内陆运输时，其费用主要包括：①集装箱装卸费--货主在承运人指定的场所，如集装箱码头堆场或货运站取箱时，或按照承运人指定的地点归还箱子时，或将箱子装上车辆，或从车上卸下的费用均由货主负担；②超期使用费--货主应在规定的用箱期届满后，将箱子归还给承运人，超出时间则为延误，延误费用的计收标准按每箱每天计收，不足一天以一天计；③内陆运输费--货主对其从得到集装箱时起至归还箱子时止整个期间所产生的费用负责。
滞期费
集装箱运输中，如货主未在规定的免费期内前往承运人的堆场提取货箱，或去货运站提取货物，承运人对超出的时间要向货主收取滞期费。
延期费
如货主所使用的箱子和有关设备为承运人所有，而货主又未能在免费使用期届满后将箱子，或有关设备归还给承运人，或送交承运人指定地点，承运人则按规定对超出时间向货主收取延期费。
包箱费率
按箱子的类型规定每一种箱的包箱运价。这种包箱费率一般分商品包箱费率和均一包箱费率两种。前者按不同商品和不同类型的箱子规定各种不同的包箱费率，后者不管箱内装什么商品（危险品除外），按不同类型箱子规定包箱费率。包箱费率为整箱货，其运价可以是总包费率，也可以是包箱费率加各种附加费。包箱费率是国际航运竞争的产物，这种费率较底，是对货主在托运整箱货运输时的一种优惠，也是作为船公司揽货的一种手段。
装箱费
在CFS/CY运费条件下，实际已由货主自行装箱时应退回的装箱费。
按照惯例，集装箱运费构成中，如拼箱货均应支付拼箱服务费，这在装货港就是装箱费，但整箱货有时也按CFS/CY标准支付运费。这时，由船公司或其代理人在收到运费后，将装箱费总额算出，通知给货运公司，货运公司再按提单号、航次、货种，分到各个货主，并进行结算。
