海南港航控股有限公司是对海口港集团公司和海南省海运总公司的国有资本权益及马村港岸线资源进行三港重组而组建的，2005年1月24日正式挂牌成立。公司组织机构健全，设立股东会、董事会、监事会、经营层以及13 个职能部门和18 家二级公司，主要从事港口装卸、仓储、水上客货运输、集装箱运输、外轮理货、船舶修理、商业贸易、旅游、房地产开发、物业管理等多元化业务，是目前海南省最大的国有港航企业。公司现有员工3803人，资产总额约89亿元。公司控股企业海南海峡航运股份有限公司于2009年12月16日在深交所上市，股票代码：002320。
      公司拥有秀英港区、马村港区、新海港区和洋浦港区，海口新港因海口市政府实施城市化改造全部停止码头生产业务，不再列入公司生产港区。秀英港区俗称海口港，早在宋、元时期已成为琼雷渡海埠头和货物集散地，自古以来素有“琼州门户”之称，1950年9月归属交通部广州港务局海口分局管理。海口港是海南省的交通枢纽和客货集散中心，在我国沿海港口发展战略中被交通部列为全国沿海主要港口和海南省国际集装箱干线港口，属国家一类开放口岸。马村港区已经国家验收，于2005年6月1日起正式对外开放，将建成中心港区。新海港区是专业轮渡港区，承担秀英港客滚码头搬迁重任。洋浦港区是通过港口资源整合，与海南省洋浦开发建设控股有限公司合资经营的港区。公司现有码头泊位44个：2个5万吨集装箱泊位，3个5万吨级多用途泊位，4个2万吨级泊位，2个万吨级泊位，5个5000吨级通用泊位，4个3000吨级以下杂货泊位，客货滚装泊位24个。件杂货年设计吞吐能力2124万吨，集装箱吞吐能力166万TEU，旅客通过能力1318万人次，滚装车辆通过能力190万辆。公司拥有客滚船19艘（其中正常运营的客滚船共17艘，停航2艘）、港作船8艘，各类主要生产机械设备共294台，仓库8.95万平方米，生产用堆场83.59万平方米，非生产用堆场5.37万平方米。
      公司及其前身先后开通海口至广州、蛇口、湛江、海安、北海等客船、客滚船航线，目前海口至海安、北海航线正常运行。集装箱航线有海口经香港中转至世界各地的国际班轮，还开通了海口至越南胡志明市、海口至印尼直达国际航线；国内集装箱航线有海口至全国沿海各港口近30条班轮航线。
      公司未来将全力打造高效率、高效益的港口综合物流运营商，全面推进企业转型升级，以港口、航运、物流、旅游为发展主攻方向，实现由传统的港口生产企业向综合物流服务商的转型。